層流超凈工作臺使用指南的主要內容有：應在人員走動相對較少，并且是在離門較遠的位置安置層流凈化工作臺，目的是使設備周圍環境的氣流相對穩定，不影響操作區，更不得對操作區層流產生干擾。

設備開啟后，操作人員應*先檢查壓差指示表的讀數是否正常，與常規壓差相比，壓差偏小或偏大均表明設備運行異常，需會調查并采取必要的糾偏措施。

如果操作區內安裝有紫外燈，操作前必須關閉紫外燈直至完成所有的無菌作業。防止紫外線對操作人員的損害及對樣品中可能存在的微生物的損傷。

操作人員戴無菌乳膠手套和無菌袖套后方可在層流區操作。開啟工作臺后，應采用無菌消毒劑(70%無菌乙醇)對其表面消毒，至少等待5min后，方可開始操作。無菌操作前，置于工作臺內的所有物品均應經過充分消毒并直至風干。工作區內的所有物品均應排放整齊，以免干擾氣流方向。應即時將超凈工作臺，內的閑置物品撤離出去，并且不得堵住氣流的進口。

操作人員應當熟悉層流凈化工作臺的設計、工作原理及其氣流模式。普通層流凈化工作臺內的氣流較終直接對著操作者而排向周圍環境。因此，此類凈化工作臺不得用于處理感染性物品、有毒物品或敏感物品等。它們只適用一般性的無菌操作活動，如無菌物品的裝配、常規物品的微生物檢查、培養基的制備等。盡管從表面上看，垂直層流凈化工作臺的工作區氣流未經任何人員及周圍環境，勢必給操作人員及周圍環境造成潛在性污染；操作要避免對周圍環境和操作人員產生污染。使用層流工作臺時，務必要確保過濾器未被堵塞，從而保證潔凈空氣吹向并覆蓋整個工作區。為防止擾亂層流，操作人員應盡可能避免將手和手臂在層流區移進或移出，即便移動，也應小心謹慎，所有活動盡可能地在無菌物品暴露區的下游(順著層流方向)進行。實驗室配備一臺凈化工作臺較好是生物安全柜，專用于常規性微生物菌種的處理，如微生物的鑒別、生物指示劑的制備與培養、陽性對照或培養基靈敏度檢查用標準菌株的制備、保藏和使用等。在潔凈區內，如條件許可，盡量使層流凈化工作臺始終處于運行狀態。但是，一旦停止運行而重新啟動后，要對工作區進行徹底性消毒并且在使用前至少要預運行5min。此外，在每次使用前和使用后，均應對工作臺面采取清潔和消毒措施。